輪作制度係依氣候、環境、土壤、水資源、勞力、資金以及作物生產量與收益情形而定，雲嘉南地區，稻田輪作制度非常複雜，以往以灌溉方式區別為雙期作田;一、二期單期作田;三年二作及三年一作水稻之輪作方式，輪作作物種類變化很大，在民國60年以前以甘蔗甘薯與水稻為主之輪作制度，自民國63年以後，政府加強稻米生產，設立糧食平準基金，提高稻米保證收購格，稻米生產逐年增加，造成稻米生產過剩，雜糧生產相對地急速減少，另由近年來國內畜牧及養殖業發達，雜糧進口激增，玉米、大豆、高粱、小麥、大麥等由民國60年進口191萬公噸至76年增加為756萬公噸。為平衡稻米生產過剩，因應國內外市場需要，調整土地生產結構已成為當務之急。民國67年起，政府分別在雲林、嘉義及台南等地辦埋水稻與旱作輪作制度試驗，探討水稻與旱作物輪作後土壤理化性、土壤肥力，作物病蟲害相，田間雜草相以及作物生產量與收益等之關係，經試驗結果顯示，在水稻雙期作田第二期作改種旱作之輪作制度最好，輪作田則斟酌水資源之供需，一期或二期擇一輪作旱作之方式較佳，並宜逐年採用不同輪作物進行，以保持地力。在上述輪作制度下可供選擇種植之水稻品種有台南9號、台農67號及早熟稻台梗1號等，旱作方面，大豆春作可用高雄8號或高雄選10號，夏作採叫台南選1號或台農15號；高粱有台中5號;玉米有台南17號、台農1號及台農351號等均為豐產品種。稻田輪作必須依季節選擇適當作物及品種，才能獲得最大收益。