蓮的根屬於軸根系，叢生在地下莖的節上。從地下莖的薄壁細胞分生出來，由於蓮是水生植物，生長在不缺水的環境，故根系不發達，稱之為不定根，長約10公分，每節數量約130-180 條，有支根（側根），但無根毛，通常為白色，有時出現棗紅色的根。

地下莖的節上長滿不定根

蓮的地下莖屬變態莖的一種，匍匐在地下，像一條長鞭，分枝不多，有明顯的頂芽優勢現象（頂芽長得較快），因此有一主幹，明顯而挺直，稱單軸分枝。莖通常為淺綠或褐色，節間很長，約20-50公分，節上叢生根，並有側芽、葉芽、及花芽各一個，由鞘片包著。通常殘留的鞘片或腐爛的根附著於節上，使節顯出黑褐色。將蓮的地下莖折斷，會出現許多不易折斷的絲狀物，此為輸水之導管，古人把它聯想出「藕斷絲連」之成語。節間的橫剖面有大小不一的氣洞，排列如八卦。節與節間的氣洞不相通，以免壞的氣洞影響到它節的氣洞。氣洞是方便植株放出的氧及二氧化碳在此交換，以自給自足，白天蓮葉進行光合作用產生氧氣，晚間則進行呼吸作用，產生二氧化碳。另地下莖橫切面還可發現表皮、下皮、薄壁組織、維管束中的韌皮部、木質部，無形成層。韌皮部位外方，中有篩管，用以輸送養分；木質部位內方，中有螺紋管胞（導管），用以輸送水分，上面提到之藕斷絲連的絲指的是螺紋管胞壁上增厚的螺紋紋理。通常薄壁組織相當發達，貯存大量澱粉蛋白質及單寧等物質，單寧遇鐵器切割，使切口面呈藍色或藍黑色反應。

蓮之地下莖

甲、芽

荷花的芽在發育的不同階段，其構造由簡到繁，種子胚芽之芽軸上著生兩片互生之幼葉及一個頂芽。頂芽進行伸長生長形成地下莖，其節間迅速加長，節上發育出腋芽（側芽）、葉、花及不定根，因此根莖繁殖時，選擇有頂芽者生長較為迅速。

乙、葉

葉由葉柄及葉片組成，著生於地下莖的節上，一節僅只一葉，若著生兩葉，則第二葉稱側芽或腋芽，側芽軟弱無力，亦屬浮葉。

從種藕頂芽產生的小葉，稱錢葉或荷錢；自種藕新長出之地下莖1-4節之葉略大一點，稱浮葉。錢葉或荷錢與浮葉，葉柄細軟不能直立故葉片浮於水面。地下莖第5-6節及以後長出的葉，具高而粗之葉柄且伸出水面稱為「立葉」。

葉片和葉柄交接在葉背中央，像盾牌，屬盾形葉。初生葉未出水面前，兩側向內反捲緊貼葉柄，出水後才慢慢展開並增大體積。蓮葉屬全緣葉（沒缺口），盾狀圓形，葉脈屬掌狀網脈，有19-22條輻射狀葉脈，從葉梗向外緣以丫形分岔，其中 一條主葉脈不分岔。

清晨或下雨後，蓮葉上長凝聚著晶瑩剔透的水珠，風一吹，水珠會滾動，並不會沾濕葉面，乃因葉面有一薄膜及茸毛可疏水之故。薄膜即是上表皮之外壁，具有角質及蠟粉，而茸毛在學理上稱「脂質乳頭突起」，可以阻擋水分使水凝結成水珠，至於葉背則無此構造。如果多取一些水在葉面，則會產生許多小泡泡，因氣孔乃交換氣體所用，故產生泡泡。。因為蓮的氣孔在葉面（一般植物在葉背，以免曬乾），即使葉背泡在水中亦無所謂，不過由於氣孔在葉面，通氣組織發達，不易保持水分，故離水之後很快枯萎。

丙、柄

葉柄為圓柱形，同地下莖相連部分為白色，出土部位紅白色，水中和水上部分綠色，密生許多倒剛刺，蓮農穿梭田間，通常要有防護措施，以免被刺傷，是以愛蓮說作者周敦頤曰：蓮可遠觀而不可褻玩焉。葉柄長可達170公分，直徑約二公分，將葉柄橫切，亦會出現大小不一之氣洞，內壁有纖維，莖的 內壁則光滑無纖維。

蓮栽種二個月才會冒出花芽，每年五月到十月是開花時節。花梗與葉柄同色，也長著向下的刺，內部亦有氣洞。花蕾著生在花梗上方，屬有限花序之單頂花。蓮的花萼與花瓣同形同色，不易分辨，展開後共十六片，為離瓣花。雄蕊很多，約200個，圍繞著花托，每一雄蕊由上而下可分為三段：第一段白色，橢圓形，為附屬物，並非是花藥。花藥在第二段，長2公分，黃色，內向。最下端則是花絲。花藥由兩片花藥瓣合成，以藥隔連接，成熟時，花藥瓣會向外反捲，露出許多黃色花粉粒。

花托向上延伸，呈倒圓錐體，黃色，花謝後轉綠。花托頂端平截，分布10至30個等距小孔，此為雌蕊之柱頭，有黏液，整個花托和雌蕊合稱蓮蓬。柱頭下便是雌蕊子房，授粉後，子房內產生一粒種子，是為蓮子。

甲、花萼

花萼由6-7片萼片所組成，出生時色綠，花開後隨品種而不同，質厚韌，與花瓣沒有明顯界線，構造基本相同，但比花瓣早謝。

乙、花冠

花冠由蓮花的花瓣組成，花瓣從橢圓形到長橢圓形，顏色有白、淡綠、粉紅、玫紅、深紅、白底紅邊、灑紅線、灑紅點、灑紅斑等變化。每枚花瓣平展或向心變曲，可區分為基部、中部及頂部。基部狹窄厚實，一般無色或色極淡；中部擴展而薄；頂部一般突尖，但雄蕊瓣化後頂部可呈圓形、不規則形、缺刻等。雌蕊瓣化後，花瓣常呈多皺折筒形，花瓣基部至頂尖具許多密列的平行瓣脈，各平行瓣脈之間有細脈橫向聯繫。

花瓣的構造包含表皮、下皮、薄壁組織及瓣脈，其中表皮細胞呈乳突狀，具氣孔，披以角質層，可阻擋外來泥塵，使荷花出污泥而不染。

丙、雄蕊群

荷花雄蕊數量約60-450枚（本地產約200枚），生於花托基部，每枚雄蕊由花絲、花藥及附屬物構成。

ㄅ、花絲

色白，細圓柱狀，開花時花絲迅速伸長並向四方散開以利散粉，花謝後萎縮枯落。重瓣品種的花絲向兩側擴展瓣化，在一朵花中可以看到瓣化現象的各個階段。

ㄆ、花藥

色黃形長，呈扁棒狀，中為藥隔，兩側各具兩個花粉囊，每個花粉囊包括壁層及由壁層所包圍之藥室，在藥室中產生花粉粒。花粉粒是由花粉母細胞發育而來的，當花盛開時，花藥開裂，散出花粉，被昆蟲攜帶至雌蕊柱頭上而完成傳粉作用。

ㄇ、附屬物

中國蓮的附屬物一般為乳白色，某些品種呈粉紅至玫瑰紅色，黃蓮花為鮮黃色。形狀為長卵形，位於花藥頂端，由藥隔向上突起而成，其大小因品種而異。開花前附屬物直立，傳粉後下垂。

丁、雌蕊群

荷花的雌蕊多數，離生，其底部著生於花托的桶形洞穴中，每個雌蕊有一個心皮組織，可區分為柱頭、花柱及子房三部分。

ㄅ、柱頭

柱頭中部開放中空，溝槽直達子房室，柱頭表皮細胞能分泌柱頭液。花蕾未開但膨鬆待放之時，昆蟲變攜帶花粉由花苞頂鑽入花中開始傳粉，大量花粉被傳至柱頭上且被黏住。此時花粉很快長出花粉管，當花瓣完全張開時，早已完成授精作用，因此荷花是雌蕊先成熟。已開的荷花其雌蕊根本不需要再授精，未開前其雄蕊又未成熟，因此荷花無法同花受粉。

ㄆ、花柱

中空，位柱頭下方，短而不明顯。

ㄇ、子房

桶形膨大，外為子房壁，圍成一室，子房壁具內外表皮，二者之間為薄壁組織及維管系統，子房室內懸生一個倒生胚珠，珠中有胚囊，成熟胚囊中具卵細胞。

戊、花托

荷花整個花托呈倒圓錐平頂形，受精後，隨果實的發育日益增大，俗稱蓮蓬。

己、花梗

色綠，圓柱形，表皮具刺突，其構造與葉柄相似。

雄蕊及蓮花謝後，蓮子經21天蓮子始成熟，這段日子，蓮蓬漸膨大，蓮子日趨成熟飽滿。蓮子有二片子葉，中間有一胚芽稱蓮心。若超過三週沒採收蓮子，則因蓮子過熟，由果皮中腹轉褐，再延伸到上下兩端，變黑褐色，此種蓮子方可作為培育新苗用。由於脫水現象，果皮慢慢萎縮，質地變硬，不再緊密的著床在蓮蓬，而可以搖動。接著花梗慢慢乾枯，蓮蓬佈滿黑褐色皺紋，垂掛在花梗頂端，隨時有脫落的可能。

蓮在秋去冬來，尚未落葉之前，植株將葉片光合作用形成的養分，儲存在地下莖前端。地下莖前端的四、五節便逐漸膨大，發展成粗大的藕條，在地下約半公尺處。藕節上有未出土的葉芽及側芽，躲在溫暖的地下冬眠，等待來年三、四月春暖花開時節再鑽出地表，開始它生命的另一個旅程。藕的切面亦有氣洞，可灌入糯米蒸熟，再切片加密汁，即成糯米藕。亦可將之切片，中夾肉泥，沾麵粉油炸成『藕夾』。